Žmogaus teisių stebėjimo instituto metinėje apžvalgoje konstatuojama, kad nemažai žmonių šalyje jaučiasi nesaugūs, baiminasi laisvai reikšti savo mintis, jaučia teisingumo stoką ir nepasitiki valstybės institucijomis.
Anot 2006 m. apžvalgos, nebuvo sprendžiamos įsisenėjusios teisės į privataus gyvenimo gerbimą problemos. Atvirkščiai, asmens privatumo ribojimas buvo tęsiamas – neįtvirtinus tinkamo teisinio reguliavimo plito vaizdo stebėjimo kamerų diegimas, paskubomis, neišnagrinėjus saugumo užtikrinimo ir tinkamai techniškai nepasiruošus, buvo įdiegti biometriniai pasai, išaugo elektroninės darbo vietos kontrolės mastai.
Žmogaus teisių stebėjimo institutas konstatuoja, jog tęsiasi visuomenės pasitikėjimo teismais ir teisėsaugos institucijomis krizė. Stebėjimai parodė, kad teismai neretai pažeidžia teisingo teismo garantijas, ikiteisminis tyrimas baudžiamosiose bylose dažnai vykdomas neprofesionaliai. Trūko politinės valios imtis esminių reformų. Be to, politikai demonstravo netinkamą požiūrį į teismus – kišosi į jų darbą, naudojo juos kaip įrankį bandydami apsiginti nuo kritikos.
2006 metų įvykiai Lietuvoje rodo, kad teisę į žodžio laisvę vis dar prastai suvokia ne tik visuomenė, bet ir politikai, žiniasklaidos atstovai. Šalia politikų mėginimų užgniaužti oponentų ir piliečių kritiką, užfiksuoti valstybės institucijų bandymai riboti spaudos laisvę. Pavyzdžiui, Valstybės saugumo departamentas reikalavo, kad naujienų portalai atskleistų neigiamus komentarus apie šią instituciją parašiusius asmenis.
Toliau klestėjo užsakomoji žiniasklaida, ribojanti piliečių teisę į objektyvios ir nešališkos informacijos gavimą. Problemiškas išliko ir susirinkimų laisvės įgyvendinimas.
2006 m. vangiai buvo sprendžiamos Lietuvos romų integracijos problemos, neadekvačiai buvo reaguojama į rasizmo, ksenofobijos bei kitas nepakantumo apraiškas.
Pagrindinės problemos rodo, kad reikalinga koordinuota valstybės žmogaus teisių politika. Jau keli metai Lietuvoje yra kalbama apie nacionalinės žmogaus teisių institucijos įsteigimo būtinumą.
Lietuvos valdžios institucijoms ignoruojant šį klausimą, 2006 metais jis sulaukė tarptautinės institucijos dėmesio. Jungtinių Tautų Komitetas prieš rasinę diskriminaciją paragino Lietuvą apsvarstyti nepriklausomos žmogaus teisių institucijos įsteigimą.
