Valstybės kontrolė, įvertinus Lietuvos muzikos ir teatro akademijos 2006 metų finansinę atskaitomybę, konstatavo, kad akademijos buhalterinės apskaitos rengėjai nesivadovavo įstatymų ir kitų teisės aktų reikalavimais.
Nustatyta, kad akademija buhalterinę apskaitą tvarkė nesivadovaudama biudžetinių įstaigų buhalterinės apskaitos principais ir taisyklėmis: neteisingai apskaityta ilgalaikio turto ir nebaigtos rekonstrukcijos vertė, neteisingai skaičiuotas nusidėvėjimas, netvarkoma įsipareigojimų ir nuompinigių apskaita, pajamos ir išlaidos apskaitytos nesivadovaujant apskaitos principais, netinkamai tvarkoma atsargų, įsiskolinimų, pinigų, pavedimų ir kitų lėšų, finansavimo šaltinių apskaita. Todėl auditoriai negalėjo patvirtinti, kad akademijos metinėse ataskaitose pateikti finansiniai duomenys yra teisingi.
Lietuvos muzikos ir teatro akademija, neturėdama Vyriausybės sprendimo dėl turto perdavimo kitiems juridiniams asmenims ir nesudariusi turto panaudojimo sutarties, suteikė galimybę viešosioms įstaigoms neatlygintinai naudotis valstybei priklausančiu turtu. Be to, akademija valstybės biudžeto asignavimus naudojo ne pagal paskirtį, šių viešųjų įstaigų išlaikymo išlaidas padengdama iš valstybės biudžeto lėšų.
