Konstitucinio Teismo išaiškinimu, įstatymų leidėjas, nepaneigdamas aukštųjų mokyklų autonomijos principo, įstatymais gali nustatyti aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros pagrindus. Įstatymų leidėjas turi numatyti specialų aukštųjų mokyklų valdymo santykių teisinį reguliavimą, o pagal jį didžiąją šių santykių teisinio reguliavimo dalį turi sudaryti pačių aukštųjų mokyklų nustatytas teisinis reguliavimas.
Išaiškinti KT 2008 m. kovo 20 d. nutarimo nuostatą "<...> autonomija suprantama kaip teisė savarankiškai nustatyti ir įtvirtinti įstatuose ar statute savo organizacinę ir valdymo struktūrą <...>" paprašė Seimo narys Vydas Gedvilas. Jis klausė, ar ši nuostata reiškia, kad tik aukštosios mokyklos bendruomenė formuoja aukštosios mokyklos valdymo organus iš bendruomenės narių, ar kad juos formuoti gali ir vykdomosios valdžios institucijos, skirdamos į aukštosios mokyklos valdymo organus savo atstovus. Parlamentaras taip pat prašė išaiškinti, ar ši autonomijos samprata reiškia, kad valstybė negali įstatymais ar kitais teisės aktais nustatyti ir įtvirtinti valstybinių aukštųjų mokyklų organizacinės ir valdymo struktūros bei šių struktūrų sudarymo būdų ir tvarkos.
KT išaiškinimu, aukštųjų mokyklų valdymo institucijas, įgyvendinančias aukštosios mokyklos savivaldos funkcijas, formuoja pačios aukštosios mokyklos; tokių institucijų sudarymo būdus ir tvarką įstatymuose įtvirtintais pagrindais savo įstatuose ar statutuose nustato aukštosios mokyklos.
Valstybės vykdomosios valdžios institucijų atstovai gali būti skiriami į tokias aukštųjų mokyklų institucijas, kurios vykdo kontrolės ir priežiūros funkcijas ir kurių paskirtis - užtikrinti aukštosios mokyklos atsakomybę ir atskaitomybę visuomenei; tokių institucijų sudarymo būdus ir tvarką įstatymais gali nustatyti įstatymų leidėjas, nepaneigdamas aukštųjų mokyklų autonomijos principo.
KT konstatavo, kad, siekiant užtikrinti konstitucinį akademinės laisvės principo įgyvendinimą bei visuomenės interesus, taip pat tai, kad aukštosios mokyklos turėtų dėstymo, mokslinių tyrimų ir kūrybinės veiklos laisvę, aukštųjų mokyklų valdymo struktūroje turi būti įtvirtintos valdymo institucijos, įgyvendinančios aukštosios mokyklos savivaldos funkcijas. Be to, siekiant užtikrinti aukštųjų mokyklų autonomiją, konstitucinio akademinės laisvės principo įgyvendinimą, aukštosios mokyklos privalo turėti finansinį savarankiškumą, todėl aukštųjų mokyklų savivaldos institucijoms turi būti priskirta funkcija priimti sprendimus dėl finansinių lėšų ir kito turto panaudojimo savo misijai įgyvendinti. Tokias institucijas formuoja pačios aukštosios mokyklos, paprastai iš savo akademinės bendruomenės narių.
Konstitucinis Teismas pažymėjo, jog negali būti nustatytas toks teisinis reguliavimas, kad institucija, kuri vykdo kontrolės ir priežiūros funkcijas ir kurios paskirtis - užtikrinti aukštosios mokyklos atsakomybę ir atskaitomybę visuomenei, be kontrolės ir priežiūros funkcijų, vykdytų ir aukštosios mokyklos valdymo funkcijas, kurios priskirtos aukštųjų mokyklų valdymo institucijoms, įgyvendinančioms savivaldos funkcijas.
