J.Murka gimė 1889 m. spalio 21 d. Juodžiūnų kaime (Kupiškio r.) gausioje vidutiniokų šeimoje, kurioje augo trys sūnūs ir dukra. Tėvas Simonas Murka buvo raštingas, šviesus žmogus, todėl siekė, kad ir vaikai gautų išsilavinimą. Sūnūs Jonas ir Juozas baigė mokslus. Likimas Murkams buvo negailestingas – vienas po kito šeimos nariai iškeliavo anapilin. Pirmą džiova pakirto motiną, vėliau mirė broliai Juozas ir Viktoras, galiausiai – tėvas ir sesuo. Jonas, vyriausias sūnus, silpnos sveikatos, tačiau labai tvirtos valios ir begalinio darbštumo žmogus, nuo pat vaikystės uoliai kibo į mokslus. Savarankiškai pasiruošęs, išėjo gimnazijos kursą ir įstojo į Panevėžio mokytojų seminariją, kur didelę įtaką jam padarė kalbininko Jono Jablonskio paskaitos.
1909 m. baigęs Panevėžio mokytojų seminariją, dvidešimtmetis J.Murka pradėjo mokytojauti Auksučių (Kuršėnų r.) pradžios mokykloje. Mokykla buvo įsikūrusi vietinio ūkininko seklyčioje, o kiek vėliau J.Murkos iniciatyva buvo pastatyta nauja medinė, kuri sudegė per karą 1915 m. Kaip tik Auksučiuose prasidėjo aktyvus pedagogo, mokslininko J.Murkos gyvenimas ir veikla. Jis neapsiribojo tik vaikų mokymu ir suaugusiųjų švietimu. 1909–1910 m. Auksučių ir gretimų kaimų beraščiams suorganizavo lietuvių kalbos kursus, mokė juos skaityti ir rašyti lietuviškai, suprasti poezijos ir prozos kūrinėlius. O laikai buvo labai sunkūs ir painūs. „...Pradžios mokyklos mokytojas tais laikais buvo šnipinėjamas trijų valdžių: žandarmerijos, viešosios policijos ir gubernatūros per žemiečių viršininką, kuriam žinias teikdavo viršaičiai ir seniūnai. Už pasižymėjimą lietuviškoje veikloje (susirinkimo sušaukimas, slapto vakarėlio suruošimas ir slapto būrelio įkūrimas) grėsė tada trys mėnesiai kalėjimo, ištrėmimas į Rusijos rytus ir kratos tarp pažįstamų, ką jau kalbėti apie atleidimą iš tarnybos. Antra vertus, žmonės buvo tamsūs, įbauginti ir naivūs: savo švietėjus girdavo viešai, pasakodavo apie juos, ką tik žinodavo, jei tik klausytojas nebuvo uriadnikas arba rusas“, – prisiminė tą laikotarpį pats J.Murka.
Dėmesingas mokiniams
Jaunas mokytojas kaime įkūrė klojimo teatrą, subūrė chorą, įsteigė jaunųjų ūkininkų būrelį, organizavo vakarones su tautiniais žaidimais, šokiais ir dainomis. Jo kraštietis Peliksas Bugailiškis atsiminimuose rašė: „Auksučiuose Jonas Murka visa siela ir turimomis žiniomis pasineria į darbą ne tik vaikų mokymo, bet ir suaugusių švietimo bei kultūrinimo darbo, per kelis metus gerokai išprusinant tos apylinkės kaimo visuomenę, su ja artimai bendraudamas ir visiškai pritapdamas, net sau žmoną pasirinkdamas iš savo išauklėtų ir išlavintų mokinių, būtent Eleną Gedaminaitę, būsimą jo darbų padėjėją, knygų vertėją, o ligos metu ištikimą slaugytoją ir rūpintoją.“
Gedaminų sodyba tapo žinių žiburiu vietos gyventojams. 1912–1913 m. vasarą A.Gedamino klojime buvo suvaidintos pjesės „Ekspropriatoriai“ ir „Tiktai niekam nesakyk“. Buvęs J.Murkos mokinys rašytojas Augustinas Gricius prisiminimuose rašė: „Aš atsimenu J.Murką dar jauną, aukšto stoto, tiktai liesą. Mes, mokiniai, jau žinojom, kad jis ligonis, kad džiovininkas. Bet jis buvo mokiniams toks dėmesingas, taip jis kiekvieną tirdavo, tartum kiekvieną čiupinėte čiupinėdavo, ieškodamas asmenybės, jos savumų, polinkių, gabumų. Spėjamai suradęs kokį bruožą, žymintį asmenybės gabumus kokiai veiklos sričiai, jis tuos gabumus ir ugdė, puoselėjo. Mums buvo jis patrauklus savo orumu, savo intelektualumu.“
Karas nubloškė į Voronežą
Auksučiuose J.Murka rašė „Metodikos etiudus“ – vieną brandžiausių savo teorinių studijų, skirtą tėvams ir pradedantiems mokytojams. Tai viena pirmųjų tokio pobūdžio knygų Lietuvoje, kurioje aiškiai pabrėžta mokyklos ir šeimos bendradarbiavimo reikšmė. J.Murka juos pildė ir taisė visą gyvenimą iki pat mirties.
Pedagoginį darbą nutraukė artėjantis frontas. J.Murka su A.Vireliūnu ir kitais karo pabėgėliais pasitraukė į Suomiją, 1916 m. jis gyveno Petrapilyje, kur karo pabėgėliams dėstė lietuvių kalbą ir literatūrą. Tuo laikotarpiu jis išleido pirmas vadovėlio „Vaikų darbymečiui“ dalis. 1917 m. pavasarį persikėlė į Voronežą, kuris karo metais tapo lietuvių švietimo ir kultūros židiniu Rusijoje. Evakuotos lietuvių gimnazijos čia ne tik tęsė darbą, bet ir išplėtė savo tinklą. Jose dirbo garsūs pedagogai Pranas Mašiotas, Marcelinas Šikšnys, Tomas Ferdinandas Žilinskas, Juozas Balčikonis, Konstantinas Šakenis, Sofija Kymantaitė-Čiurlionienė, Jonas Jablonskis, Zigmas Žemaitis, Juozas Damijonaitis, Juozas Vokietaitis, J.Murka ir kiti.
J.Murka ypač gerbė buvusį savo mokytoją J.Jablonskį, kurio įkvėptas ir pradėjo lituanisto darbą, 1917 m. išspausdino antrą „Lietuvių kalbos vadovėlio“ dalį, Voroneže vakarais jis lankė Mokytojų institutą, Voroneže ir susituokė. „1917 m. rugpjūčio 21 d. Voronežo Romos katalikų bažnyčioje kun. Jasienskis sutuokia J.Murką (27 m.) su Elena Gedaminaite (22 m.). Ponia Jablonskienė buvo svočia, Povilas Karazija ir Konstantinas Jablonskis – liudytojai“, – atsiminimuose rašė Elena Murkienė.
Švietėjiška veikla Šiauliuose
1918 m. J.Murka grįžo į Lietuvą ir ėmėsi rašyti vadovėlius mokykloms. Rudenį apsigyveno Šiauliuose. Voroneže įgyta didelė pedagoginė patirtis, J.Murką įkvėpė dideliems švietėjiškiems užmojams: Šiauliuose su kitais bendraminčiais 1919 m. įkūrė Šiaulių pedagogų ir specialistų būrelį, kuris rengė kursus matininkams, geležinkelininkams, paštininkams, buhalteriams, sąskaitininkams, mokytojams ir kitiems specialistams. J.Murka jiems dėstė lietuvių kalbą ir literatūrą. Tais pačiais metais jo iniciatyva buvo atidaryti parengiamieji vidurinio mokslo kursai, vėliau tapę suaugusiųjų gimnazija.
1918–1921 m. J.Murka dėstė lietuvių kalbą Šiaulių gimnazijoje. 1921–1922 m. jis dirbo Dotnuvos žemės ūkio mokykloje, 1922–1923 m. – Šiaulių mokytojų seminarijoje, o 1926–1927 m. mokytojavo Šiaulių suaugusiųjų gimnazijoje. Buvęs J.Murkos mokinys Jonas Petrauskas prisiminimuose rašė: „Šiaulių gimnazijos jaunimas pajuto gresiantį pavojų Lietuvos Nepriklausomybei. Tada mokytojai Murka ir Šileika organizavo slaptą mokinių kovos būrį. Tam būriui priklausiau ir aš.“ J.Murka, nors ir būdamas silpnos sveikatos, pasižymėjo tvirta valia ir begaliniu darbštumu. Švietimo ministerija jį skirdavo į įvairias egzaminų komisijas įvairiuose miestuose. Per gana neilgą savo gyvenimą J.Murka išleido 58 devyniolikos pavadinimų knygų laidas. „Vaikų darbymečiui“ (1916–1935 m.) – šešios vadovėlio knygos keturių skyrių pradžios mokyklai, turėjusios net 37 laidas, – pats didžiausias ir reikšmingiausias J.Murkos darbas.
Nepaisant sunkios ligos
Sunki įsisenėjusi liga nesiliovė varginusi pedagogą, tačiau ir nuo 1928 m. gydydamasis Vokietijoje bei Šveicarijoje jis neleido laiko veltui: klausė paskaitų Ciuricho universitete, gilinosi į psichologijos ir pedagogikos dalykus, bendravo su kitų šalių pedagogais. J.Murka ilgėjosi Lietuvos, o ypač šeimos – mylimos žmonos Elenos ir keturių dukrelių: Rūtos, Laimos, Grožvydos ir Danutės. Dažnai rašydavo joms laiškus. J.Murka puikiai kalbėjo vokiškai ir prancūziškai, mokėjo rusų, lenkų, graikų, lotynų, latvių kalbas. Neatsitraukdamas nuo gausių darbų, 1932 m. baigė Vytauto Didžiojo universiteto Humanitarinių mokslų fakultetą. E.Murkienė prisiminimuose rašė: „Savo darbui J.Murka buvo surinkęs gana turtingą – apie 4 000 knygų lituanistikos bei pedagogikos ir dailiosios literatūros pasaulinių klasikų biblioteką, kurioje buvo ir rimtų šaltinių, ir retenybių. Netrukus po jo mirties biblioteka ir asmeninis archyvas dingo...“ 1928 m. už pedagoginę veiklą J.Murka buvo apdovanotas Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino 4-ojo laipsnio ordinu.