2008 m. balandžio 3 d. Specialiųjų operacijų junginys buvo reorganizuotas į Specialiųjų operacijų pajėgas.
Jauniausios Lietuvos kariuomenės pajėgos, kurių visų karių vardai ir pavardės yra Valstybės paslaptis, šiuo metu yra ir vienas geriausiai žinomų Lietuvos kariuomenės padalinių.
Lietuvos specialiųjų operacijų pajėgų (SOP) eskadrono „Aitvaras“ vardas dažnai skamba ir sąjungininkų lūpose, yra minimas tarptautinėje spaudoje, teigiama pranešime spaudai.
„Specialiųjų operacijų vienetus sutelkus į pajėgas Lietuvos kariuomenė perėjo į aukštesnį specialiųjų operacijų pajėgumų vystymo lygį, atitinkantį ir kitų NATO valstybių praktiką. Taip į vieną darinį sujungėme visų kariuomenės rūšių ypatingai paruoštus ir praėjusius specialią atranką karius profesionalius, galinčius vykdyti nestandartines operacijas, – sako Lietuvos kariuomenės vadas generolas leitenantas Arvydas Pocius. Pasak vado, tokios pajėgos nepaprastai naudingos organizuojant krašto gynybą, o jų, kaip ir kitų pajėgų, karių indėlis į tarptautinį saugumą susilaukia išskirtinai teigiamo sąjungininkų vertinimo.
„Savaime suprantama per penkerius metus pasiekti tokį parengtumo lygį, kokį turime dabar – būtų nerealu. Specialiųjų operacijų pajėgumai Lietuvos kariuomenėje pradėti vystyti gerokai ankščiau – netrukus po to, kai buvo atkurta Lietuvos kariuomenė, – sako Lietuvos kariuomenės Specialiųjų operacijų pajėgų vadas. – Mūsų kariai jau daugiau kaip dešimtmetį dalyvauja operacijose Afganistane, todėl kai specialiųjų operacijų vienetai buvo apjungti į pajėgas, mes jau turėjome sukaupę daug operacinės patirties. Ir nors pajėgos tik pradeda skaičiuoti šeštuosius metus, šiandien mes turime sukaupę daugiau nei dešimtmečio operacijų patirtį“.
Šiandien Lietuvos kariuomenės Specialiųjų operacijų pajėgas sudaro Ypatingosios paskirties tarnyba, Vytauto Didžiojo jėgerių batalionas, Kovinių narų tarnyba, Karinių oro pajėgų Specialiųjų operacijų grandis.
Lietuvos kariuomenės SOP kariai yra stiprus ramstis Lietuvai vykdant tarptautinius įsipareigojimus. Lietuvos karių veiklą tarptautinėje misijoje Afganistane nuolat teigiamai vertina sąjungininkai. Operacijos rajone kartu su kitų šalių specialiosiomis pajėgomis veikiantys Lietuvos kariai įgyja žinių, leidžiančių efektyviai dalyvauti bendrose operacijose, užsitarnauja sąjungininkų ir partnerių pasitikėjimą. 2002 – 2004 m. SOP eskadronas „Aitvaras“ dalyvavo operacijoje „Tvirta taika“ Afganistane. Nuo 2007-ųjų SOP kariai dalyvauja NATO tarptautinių saugumo paramos pajėgų misijoje Afganistano pietuose, kur jų užduotys apima platų operacijų spektrą – nuo specialiosios žvalgybos, tiesioginių veiksmų iki Afganistano nacionalinės policijos Greitojo reagavimo padalinio rengimo.
Lietuvoje Specialiųjų operacijų pajėgoms numatyta užtikrinti ir svarbių asmenų apsaugą taikos metu. Šių pajėgų kariai gali būti pasitelkti Lietuvos teritorijoje taikos metu ir tais atvejais, kai teisėtvarkos institucijos neturi reikiamų pajėgumų ar jų neužtenka reaguoti į teroristinius išpuolius. Dėl savo galimybių Specialiosios pajėgos yra šalies pagrindinės greitojo reagavimo pajėgos, skirtos veikti už Lietuvos ribų, bei esant suvereniteto pažeidimui.
Pirmieji specialiųjų operacijų padaliniai pradėti kurti dar 1995 metais, jų užuomazgos atsirado Savanoriškojoje krašto apsaugos tarnyboje (dabar Krašto apsaugos savanorių pajėgos), kur buvo kuriamas diversinių ir antiteroristinių operacijų bei svarbių asmenų apsaugos padalinys. Kiek vėliau šis padalinys tapo Ypatingosios paskirties tarnyba. Karinėse jūrų pajėgose tuo metu formavosi Povandeninių veiksmų komanda. 2002 m. atskiriems Specialiųjų operacijų pajėgų vienetams pradėjo vadovauti bendras štabas ir buvo įkurtas Specialiųjų operacijų junginys, 2008-aisiais junginys buvo reorganizuotas į Specialiųjų operacijų pajėgas.
SOP karių Afganistane įgyta patirtis ir užmegzti ryšiai su sąjungininkais yra itin svarbūs rengiant kitus Lietuvos kariuomenės vienetus tarptautinėms ir krašto gynybos užduotims. Dėka Lietuvos kariuomenės, o taip pat nemaža dalimi ir SOP aktyvaus dalyvavimo NATO operacijose, Lietuva pelnė patikimos sąjungininkės reputaciją.