Dėl ministerijos biudžeto vykdymo ataskaitų auditoriai pastabų neturėjo, tačiau finansinių ataskaitų rinkinyje rado apskaitos klaidų. Jų, apskaitydamos nekilnojamąsias kultūros vertybes, padarė ministerijai pavaldžios, dažniausiai – socialinės globos, įstaigos. Be to, auditoriai nustatė valstybės lėšų ir turto naudojimo pažeidimų. „Ministerija neužtikrina, kad jai pavaldžios įstaigos tikslingai ir teisėtai naudotų valstybės lėšas: pirmiau įvertintų išlaidų būtinumą, o vėliau tinkamai kontroliuotų lėšų panaudojimą“, – kalbėdama apie audito rezultatus sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė.
Auditoriai nustatė, kad savivaldybėse atliekami viešieji darbai finansuojami tik Užimtumo fondo ir specialiųjų tikslinių valstybės biudžeto dotacijų lėšomis. Tačiau didžioji dalis šių darbų priskiriami savivaldybių funkcijoms, todėl joms finansuoti administracijos privalo skirti 20–50 proc. savivaldybių biudžetų lėšų.
Abejonių dėl valstybės lėšų naudojimo teisėtumo auditoriams kėlė ir tai, kad aktyvios darbo rinkos politikos priemonėse dalyvaujantiems asmenims teritorinės darbo biržos apmokėjo per 4 mln. Lt kelionės išlaidų, bet neįvertino, ar programos dalyviai nurodo teisingus gyvenamosios vietovės duomenis, ir neįsitikino, ar jie tikrai turėjo tokių kelionės išlaidų. Be to, teritorinės darbo biržos skyrė subsidijas (304,5 tūkst. Lt) neįgaliųjų socialinėms įmonėms asistento išlaidoms apmokėti, neįvertinusios asistento pagalbos būtinumo ir neįsitikinusios išlaidų tinkamumu.
Neįgaliųjų reikalų departamentas taip pat netinkamai vykdė savivaldybėms skirtų valstybės biudžeto lėšų neįgaliųjų būstams pritaikyti naudojimo kontrolę, todėl auditoriai negalėjo patvirtinti, kad savivaldybės dalį iš neįgaliųjų būstams pritaikyti skirtų 2,5 mln. Lt valstybės biudžeto lėšų panaudojo laikydamosi teisės aktų reikalavimų.
Audito metu nustatyta ir Viešųjų pirkimų įstatymo pažeidimų. Kupiškio socialinės globos namai, kurių steigėja 2007 m. buvo apskrities viršininko administracija, pirkdami rekonstravimo darbus, nustatė neproporcingus, diskriminacinius ir konkurenciją ribojančius reikalavimus, neatmetė tiekėjo, nurodžiusi per didelę, nepriimtiną kainą, pasiūlymo. Globos namai sudarė su tiekėju sutartį ir ją vykdydami keitė jos sąlygas. 2013 m. šie globos namai panaudojo beveik 2 mln. Lt valstybės biudžeto lėšų, toliau vykdydami sutartį, sudarytą pažeidžiant Viešųjų pirkimų įstatymo reikalavimus.
