Valstybės kontrolė įvertino, kaip Lietuvos karo akademija naudoja jai skirtas valstybės biudžeto lėšas. Audito metu nustatyta, kad akademijai skiriamų asignavimų dydis nepakankamai siejamas su planuojamais veiklos rezultatais.
Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės nuomone, akademija turėtų ieškoti būdų, kaip pertvarkyti kariūnų rengimo ir karių kvalifikacijos kėlimo organizavimą bei užtikrinti efektyvesnę akademijos veiklą.
Audito metu nustatyta, kad kariūnų skaičius kasmet mažėjo, o akademijai skiriami biudžeto asignavimai didėjo. Šiuo metu vienam besimokančiajam akademijoje tenka nuo 2 iki 7 kartų daugiau lėšų, negu kitose šalies aukštosiose mokyklose. Didžiausią išlaidų dalį sudarė lėšos personalui išlaikyti. Akademijos universitetinių studijų dėstytojui vidutiniškai tenka beveik tris kartus mažiau studentų negu kitose aukštosiose mokyklose.
Auditorių nuomone, studentų skaičius ir pagrįstos studijų organizavimo išlaidos turėtų būti pagrindiniai veiksniai, lemiantys akademijai skiriamų asignavimų dydį. Tačiau akademija nėra apskaičiavusi realių universitetinių ir karinio rengimo studijų organizavimo išlaidų. Šiandien nustatytos studijų kainos nėra susijusios su realiai studijoms organizuoti patiriamomis išlaidomis. Tai sudaro prielaidas nepagrįstai planuoti numatomas išlaidas ir neefektyviai panaudoti išteklius.
Karo akademijoje įgyvendinamas investicinis projektas, skirtas tobulinti akademijos bazę, gerinti kariūnų ir karininkų mokslo bei tarnybos sąlygas. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad projekto vertinimo kriterijai neleidžia nustatyti, ar bus pasiekti laukiami rezultatai, neskatinama efektyviai ir rezultatyviai lėšas naudoti. Įgyvendinant šį investicinį projektą 54,6 tūkst. Lt panaudota nerezultatyviai, o 88,9 tūkst. Lt. – netaupiai.
Valstybės kontrolė rekomendavo Krašto apsaugos ministerijai ir Lietuvos karo akademijai įvertinti audito metu nustatytus studijų organizavimo trūkumus ir parengti bei įgyvendinti taupų ir efektyvų žmogiškųjų ir finansinių išteklių naudojimo planą. Taip pat pasiūlyta apskaičiuoti realią akademijoje organizuojamų studijų kainą, patikslinti vykdomo investicijų projekto vertinimo kriterijus.