Prezidento Valdo Adamkaus sprendimas skirti Lietuvos Aukščiausiojo Teismo (LAT) Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininką Joną Prapiestį laikinai eiti šio teismo pirmininko pareigas – sukėlė protestus. Trečiadienį į Teisėjų tarybos posėdį susirinkę visuomenės atstovai piktinosi prezidento pasirinkimu ir ragino nepritarti J. Prapiesčio kandidatūrai.
„Lietuvos visuomeninių organizacijų atstovai reiškia didelį susirūpinimą, kad teikiant teisėjo J. Prapiesčio kandidatūrą l.e. pirmininko pareigoms nėra laikomasi teisėjų nepriekaištingos reputacijos kriterijų. Manome, kad prezidentas ir jo aplinka, veikdami kartu ir tenkindami siaurų grupių interesus, visiškai pamynė Lietuvos visuomenę",- teigiama buvusios disidentės sesers N. Sadūnaitės, Sausio tryliktosios brolijos atstovės J. Bieliauskienės ir Lietuvos Sąjūdžio tarybos narės S. Veverskienės pareiškime Teisėjų tarybai.
Prezidento patarėja teisės klausimais Aušra Rauličkytė aiškina, kad šalies vadovui nekyla jokių abejonių dėl J. Prapiesčio. Be to, ji pabrėžė, kad Valdas Adamkus Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininką teikia tik laikinai, nes Seimas kol kas nėra pritaręs trijų teisėjų paskyrimui į LAT. Pirmininką bus galima skirti tik tuomet, kai bus baigtas formuoti visas teismo korpusas. Pasak A. Rauličkytės, akivaizdžiai matosi, kad kai kurios politinės partijos bando vilkinti teisėjų paskyrimą.
Nors visuomenininkai mėgino priekaištauti kandidatui ir dėl darbo Teisingumo ministerijoje, kuomet nebuvo užkirstas kelias skandalingoms koncerno EBSW aferoms, išskyrus nuo liepos 8-osios kadenciją baigiantį LAT pirmininką Vytautą Greičių, visi tarybos nariai balsavo už J. Prapiesčio kandidatūrą.
Konfliktas tarp kadenciją baigiančio LAT vadovo ir prezidento iškilo dar 2006 metais, kai šalies vadovas pareiškė nepasitikįs AT pirmininku nei kaip pareigūnu, nei kaip žmogumi. V. Greičius viešai atsikirto, jog prezidentą suklaidino jo patarėjai. Nesutarimus sukėlė kadaise iš darbo milicijoje už girtavimą išvyto ir į kitas skandalingas istorijas įsipainiojusio, buvusio paukštyno kompartijos sekretoriaus V. Margevičiaus paskyrimas Biržų apylinkės teismo pirmininku. Vėliau paaiškėjo, kad V. Greičius buvo teisus ir išties laiku informavo prezidentūrą išdėstydamas savo poziciją ir argumentus. Vis dėlto manoma, kad tai tik formalioji nesutarimų priežastis. Skiriasi V. Greičiaus ir V. Adamkaus aplinkos požiūris į rengiamą naują teismų įstatymą. Administracinių teismų, kuriuos daug kas laiko tapus politiniu susidorojimu su neįtikusiais pareigūnais, atskirumą ir uždarumą ginanti šalies vadovo aplinka ir Vyriausiojo administracinio teismo vadovybė atkakliai priešinasi mėginimui įdiegti kasacinio skundo Aukščiausiajam Teismui galimybę. Šiuo metu po dviejų pakopų administracinio teismo, bylinėjantis su valstybe, skųstis Lietuvoje nebėra kam.