Valstybės kontrolė įvertino, kaip Nacionalinė mokėjimo agentūra (NMA) 2006 m. administravo SAPARD programą, skirtą žemės ūkio ir kaimo plėtrai. Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės nuomone, Nacionalinė mokėjimo agentūra dar nepanaudojo visų galimybių reikliau kontroliuoti Europos Sąjungos lėšas.
Prieš metus Europos Komisija (EK) dėl padarytų pažeidimų pareikalavo susigrąžinti iš bendrovės „Rovisa“ visas jai skirtas SAPARD paramos lėšas – 4,9 mln. Lt, tačiau iki šiol lėšos nėra grąžintos. Todėl EK tokia pačia suma ateityje gali sumažinti Lietuvai skiriamas lėšas. Auditorių nuomone, agentūra ir kitos Lietuvos institucijos iki šiol nesiėmė tinkamų priemonių susigrąžinti bendrovei „Rovisa“ išmokėtą paramą.
Atlikdami ankstesnius auditus auditoriai ne kartą atkreipė agentūros dėmesį, kad paramos gavėjai su rangovais ir tiekėjais kartais atsiskaito grynaisiais pinigais. Toks atsiskaitymo būdas yra teisėtas, tačiau tokia atsiskaitymo forma nėra tipinė ir nėra pagrįsta naudingumo motyvais.
Praėjusiais metais agentūra kompensavo paramos gavėjo - bendrovės „Baltlantos žuvis“ išlaidas – 435 tūkst. Lt, kuriuos paramos gavėjas buvo sumokėjęs rangovui grynaisiais pinigais. Kadangi atsiskaitymai grynaisiais pinigais buvo vykdomi tarp susijusių šalių, be to, mokėjimai yra ypač didelės vertės, informaciją apie šį mokėjimą bei su juo susijusias aplinkybes Valstybės kontrolė perdavė Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybai.
