Nacionalinė kovos su korupcija programa nedavė lauktų rezultatų - taip jos vykdymą įvertino Valstybės kontrolė.
Pasak valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės, programoje numatytiems tikslams įgyvendinti stinga konkrečių priemonių, nepakankama programos vykdymo kontrolė, nepilnai panaudotos iš valstybės biudžeto finansuojamų institucijų ir visuomeninių organizacijų galimybės. Už kovą su korupcija atsakingos institucijos neturi duomenų, kiek lėšų išleista šios programos įgyvendinimui.
Nacionalinės kovos su korupcija programos įgyvendinimą organizuoja Vyriausybė kartu su Specialiųjų tyrimų tarnyba.
Auditoriai atkreipė dėmesį, kad iki šiol programoje nesuformuluota tiksli ir aiški korupcijos sąvoka, todėl programą įgyvendinančios institucijos kartais skirtingai suvokia reiškinį, su kuriuo jos turi kovoti.
Nustatyta, kad rengiant ir tikslinant programos priemonių planą nebuvo pakankamai įvertinti korupcijos prielaidos ir paplitimas. Pavyzdžiui, pagal 2005 metų visuomenės apklausos rezultatus, viena iš labiausiai korumpuotų buvo įvardyta Kelių policija (dabar - Eismo priežiūros tarnyba), tačiau 2006 m. patvirtintame plane nebuvo numatyta priemonių, orientuotų į korupcijos prielaidų pašalinimą šioje srityje. Vėlesnė apklausa parodė, kad ši sritis vertinama kaip dar labiau korumpuota.
Vėluojama tobulinti galiojančius teisės aktus: dar prieš penkerius metus buvo numatyta patikslinti teisės aktus, reglamentuojančius korupcijos prevenciją, licencijų išdavimą, viešųjų pirkimų organizavimą, parengti naujos redakcijos Lobistinės veiklos etikos kodeksą, Visuomenės informavimo įstatymo pakeitimus, kitus teisės aktus. Tačiau tai iki šiol nepadaryta.
Auditorių nuomone, kovoje su korupcija būtina stiprinti visuomenės švietimą. Nors per penkerius metus pranešimų skaičius apie galimus korupcinius nusikaltimus padidėjo, tačiau apklausos duomenimis apie tokį nusikaltimą praneštų tik kas ketvirtas gyventojas, ir net 82 proc. gyventojų bei 65 proc. verslo įmonių vadovų nežinotų, kur su tokiu pranešimu kreiptis.
