Siekiant įvertinti 2013 m. EK deklaruotų išlaidų tinkamumą, statistinės atsitiktinės atrankos metodu buvo atrinkta ir patikrinta 60 mokėjimo prašymų (per 442 mln. Lt deklaruotų išlaidų), susijusių su visų įgyvendinančiųjų institucijų ir visuotinių dotacijų valdytojų administruojamomis paramos priemonėmis.
Kartu buvo įvertinti ir 166 viešieji pirkimai, kuriuos atliko projektų vykdytojai. 2013 m. audito metu netinkamų finansuoti išlaidų atvejų nustatyta mažiau nei ankstesniais metais – finansinių klaidų buvo nustatyta devyniuose iš patikrintų mokėjimo prašymų. ES ir nacionalinių teisės aktų reikalavimų neatitinkančios išlaidos juose sudarė 374 tūkst. Lt.
Sritis, kurioje nustatoma daugiausiai klaidų, išlieka ta pati – viešieji pirkimai. Labiausiai tikėtina klaida (statistiškai apskaičiuojamas rodiklis) sudarė 0,53 proc. nuo visų 2013 m. EK deklaruotų išlaidų ir neviršijo ES teisės aktuose nustatyto toleruotino 2 proc. reikšmingumo lygio.
Audito metu Valstybės kontrolė VKS sudarančioms institucijoms pateikė 19 pastebėjimų bei 17 rekomendacijų. Dalį šių rekomendacijų VKS institucijos įgyvendino jau audito metu. Ateityje dar turės būti įgyvendinta 11 rekomendacijų, skirtų tobulinti valdymo ir kontrolės sistemą ir šalinti trūkumus, susijusius su deklaruotomis išlaidomis.
Seimo nutarimu 2007–2013 m. ES paramos lėšų audito funkcija pavesta Valstybės kontrolei, kuri kasmet EK rengia metinę kontrolės ataskaitą ir metinę nuomonę apie paramos administravimo sistemos veikimo efektyvumą ir EK deklaruotų išlaidų teisėtumą ir teisingumą.
Valstybiniai auditoriai kasmet įvertina 27 institucijų, sudarančių valdymo ir kontrolės sistemą Lietuvoje, veiklą administruojant ES paramą, teikiamą transporto, sveikatos priežiūros, verslo skatinimo, užimtumo, turizmo, viešojo administravimo, aplinkosaugos ir kitose srityse. Audito metu taip pat tikrinami paramos gavėjų įgyvendinami projektai, kurių išlaidos buvo deklaruotos EK.
Seimo nutarimu Valstybės kontrolei taip pat pavesta atlikti ir 2014–2020 m. ES paramos lėšų audito funkciją. Jau rengiama 2014–2020 m. ES struktūrinių fondų investicijų audito strategija, šiais metais bus atliekamas VKS institucijų atitikties jų paskyrimo kriterijams auditas ir pradedamas pirmasis naujojo finansinio laikotarpio VKS veikimo, EK deklaruotų išlaidų ir metinių sąskaitų auditas.
