Finansinėse ministerijos ataskaitose reikšmingų pažeidimų nenustatyta, tačiau auditoriai turėjo pastabų dėl ministerijos vykdomos viešajam sektoriui nebūdingos veiklos, viešosios tvarkos užtikrinimo, pareigūnų sveikatos priežiūros, netinkamų finansuoti Europos Sąjungos fondų lėšų grąžinimo bei racionalesnio lėšų naudojimo. Kai kurie panašūs pažeidimai nustatyti ir Policijos departamente atlikto audito metu.
Auditorių teigimu, ministerija taiso buvusią itin prastą padėtį viešųjų pirkimų srityje: yra atlikusi anksčiau nustatytų viešųjų pirkimų pažeidimų tyrimus, darbuotojus siuntė į mokymus, nutraukė sutartis, kurios buvo sudarytos po galimai neskaidriai atliktų viešųjų pirkimų, ir kai kuriuos abejotinus pradėtus vykdyti viešuosius pirkimus. Tačiau minėtų priemonių imtasi tik 2014 m. pabaigoje, taigi audituojamuoju laikotarpiu (2014 m.) nesilaikant Viešųjų pirkimų įstatymo vis dar buvo atlikta prekių, paslaugų ir darbų pirkimų už daugiau kaip 4 mln. Lt. Sisteminiai didelės vertės viešųjų pirkimų pažeidimai ministerijoje ir jai pavaldžiose įstaigose kartodavosi metai iš metų, o 2011 ir 2013 m. auditų metu surinktus faktus, keliančius abejonių dėl paslaugų pirkimo skaidrumo, Valstybės kontrolė perdavė Generalinei prokuratūrai, pradėti ikiteisminiai tyrimai.
Įvertinus policijai priskirtų funkcijų vykdymą, nustatyta, kad beveik visų apskričių vyriausieji policijos komisariatai ir Lietuvos kelių policijos tarnyba ėmė mokestį už teisės aktuose nustatytų funkcijų vykdymą (institucijų ir kitų svarbių objektų apsaugą, eismo saugumo užtikrinimą lydint krovinius ir pan.). Valstybės kontrolės nuomone, policijos įstaigos turi užtikrinti, kad policijai teisės aktuose nustatytos funkcijos būtų vykdomos tik iš joms vykdyti skirtų valstybės biudžeto lėšų asignavimų, neimant papildomo mokesčio.
Taip pat, auditorių nuomone, Policijos departamentas nekoordinavo ir nekontroliavo policijos įstaigų dalyvavimo savivaldybių veikloje, nes policijos įstaigos vykdė ne bendras su savivaldybėmis programas, bet savivaldybių priemones, kurių dalis nepriskirta policijos įstaigų vykdomai veiklai, todėl neaišku, kokių policijos veiklos rezultatų buvo siekiama. Policijos įstaigos šioms priemonėms vykdyti gavo 1,2 mln. Lt savivaldybių biudžetų lėšų.
