Valstybės kontrolė perspėja apie kylančią riziką, kad valstybės ir savivaldybių biudžetuose 2009-2010 m. gali nepakakti lėšų Europos Sąjungos (ES) struktūrinių fondų projektams užbaigti. Neįgyvendinus ES finansuojamų projektų per nustatytą laikotarpį, suteiktą paramą tektų grąžinti ES.
Pasak valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės, susirūpinimą kelia tai, kad užsitęsus Sanglaudos fondo projektų vykdymui, padidėjo daugelio jų vertė - praėjusių metų pabaigoje ji siekė 796 mln. Lt, o tai teks apmokėti nacionalinėmis lėšomis.
Vis dėlto Valstybės kontrolė pabrėžia, kad mūsų šalis dar turi galimybę panaudoti visą struktūrinių fondų paramą, kurią 2004-2006 metais Lietuvai skyrė ES, tačiau būtina kuo skubiau imtis priemonių, kad ateityje nebūtų kartojamos klaidos, kurios stabdė efektyvų paramos naudojimą. Tai ypač svarbu, nes 2007-2013 m. Lietuvai skirta dar didesnė ES struktūrinė parama - daugiau negu 23 mlrd. Lt.
Europos Komisija 2004-2008 m. paramos panaudojimo terminą yra pratęsusi iki birželio pabaigos. Iki šių metų pradžios baigta vykdyti 94 proc. visų ES struktūrinių fondų finansuojamų projektų.
Daugiausia trūkumų naudojant 2004-2006 m. skirtą ES struktūrinių ir Sanglaudos fondų paramą nustatyta viešųjų pirkimų organizavimo ir vykdymo, projektų atrankos ir vertinimo, struktūrinės paramos kompiuterinės informacinės valdymo ir priežiūros sistemos diegimo ir naudojimo srityse. Labiausiai vėluojama įgyvendinti Sanglaudos fondo aplinkosaugos projektus, nes savivaldybėms stigo patirties, pavėluotai buvo vykdomi viešieji pirkimai ir pasirašomos sutartys.
Iki šiol lėtai buvo naudojamos 2007-2013 m. numatytos struktūrinės paramos lėšos. Iki 2009 m. pradžios panaudota tik 705 mln. Lt, arba 2,26 proc., visų numatytų lėšų. Lėšų naudojimą programavimo laikotarpio pradžioje labiausiai stabdė užsitęsęs reikiamų teisės aktų rengimas. Valstybės kontrolierės teigimu, siekiant efektyviai ir laiku panaudoti skirtą ES paramą, būtina, kad sparčiau dirbtų visos už ES fondų lėšų panaudojimą atsakingos institucijos.
Ataskaitoje pažymėta, kad netinkamai panaudotai ES struktūrinei paramai sugrąžinti Lietuvoje netaikomas tarpusavio skolų užskaitymo mechanizmas. Finansų ministerijai rekomenduota įvertinti šios priemonės taikymo galimybę, siekiant paspartinti lėšų grąžinimą į biudžetą. Be to, auditorių manymu, nevisiškai įgyvendinta anksčiau Vyriausybei pateikta rekomendacija periodiškai informuoti visuomenę apie Lietuvos gaunamos visos finansinės paramos panaudojimą.