Finansų ministerija pažeidė taisykles finansuodama Specialiąją valstybės paramos gyvenamiesiems namams ir butams įsigyti programą iš valstybės biudžeto asignavimų, o ne iš įmokėtų į biudžetą pajamų. Be to, Ministerija nesilaikė teisės aktų reikalavimų skirdama valstybės biudžeto lėšas viešajai įstaigai Centrinė projektų valdymo agentūra, kuriai įstatymu viešojo administravimo funkcija nepavesta.
Tokias išvadas daro Valstybės kontrolė, vertinusi ministerijos finansinių ataskaitų teisingumą ir valstybės turto valdymo teisėtumą.
Finansų ministerija pranešė, kad ėmėsi konkrečių priemonių auditorių nurodytiems pažeidimams pašalinti, o atsakingiems darbuotojams skyrė tarnybines nuobaudas už netinkamą funkcijų vykdymą.
Auditorių teigimu, Finansų ministerija turėtų griežčiau laikytis apskaitos principų ir taisyklių bei vengti klaidų finansinėse ataskaitose. Tikrintu laikotarpiu ministerija vykdė 17 programų, kurioms vykdyti panaudota daugiau kaip 5,1 mlrd. Lt.
Valstybiniai auditoriai nurodė tam tikrų sisteminių klaidų ir neatitikimų ministerijos buhalterinėje apskaitoje. Tarptautinių organizacijų akcijas ir įstatinio kapitalo dalį ministerija apskaitoje užregistravo ne įsigijimo savikaina, kaip numatyta taisyklėse, o nominaliąja verte. Atsižvelgdami į tai, kad ministerija nepateikė duomenų apie dalies finansinio turto įsigijimą, auditoriai negalėjo patvirtinti šių duomenų teisingumo.
Auditoriai negalėjo gauti tinkamos, išsamios ir palyginamos informacijos apie dalį ministerijos įsiskolinimų prekių ir paslaugų tiekėjams. Be to, auditoriai atkreipė dėmesį į tai, kad Biudžetinių įstaigų buhalterinės apskaitos taisyklės nereglamentuoja ilgalaikių įsipareigojimų registravimo apskaitoje, todėl pasiūlė tokią informaciją pateikti aiškinamajame rašte prie metinės finansinės atskaitomybės.
Auditoriai padarė išvadą, kad dėl šių ir kitų klaidų 2008 metų finansinės ir kitos ataskaitos parengtos ir pateiktos nesivadovaujant teisės aktais, reglamentuojančiais biudžetinių įstaigų buhalterinę apskaitą ir finansinės atskaitomybės sudarymą.
