Nuo 2010 metų balandžio 1 dienos turi pradėti funkcionuoti nauja Žemės ūkio ministerijos administracinė struktūra. Pertvarkius struktūrą ir funkcijas tikimasi 10 proc. sumažinti valdymo aparatą.
Seimo Kaimo reikalų komitete Eltą informavo, kad numatoma sujungti Valstybinę augalų apsaugos tarnybą, Valstybinę sėklų ir grūdų tarnybą bei Valstybinį augalų veislių tyrimo centrą į Valstybinę augalininkystės tarnybą prie Žemės ūkio ministerijos. Bus optimizuotas laboratorijų bei sumažintas augalų veislių tyrimo stočių skaičius.
Valstybinėje gyvulių veislininkystės priežiūros tarnyboje siekiama nustatyti optimalų vykdomų funkcijų ir valstybės tarnautojų bei darbuotojų, atliekančių šias funkcijas, santykį, ministerijoje koncentruojamos veislininkystės politikos formavimo funkcijos, keičiamos asociacijoms skiriamo finansavimo funkcijos.
Taip pat optimizuojama VĮ "Gyvulių produktyvumo kontrolė" veikla ir bus suteikta galimybė ūkininkams patiems vykdyti produktyvumo kontrolę, taupant savo ir biudžeto lėšas.
Pertvarkomos žuvininkystės sektoriaus institucijos, reorganizuojant Žuvininkystės departamentą, Valstybinį žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centrą ir VĮ "Laukystos žuvų veislynas", jas sujungiant į vieną Žuvininkystės tarnybą prie Žemės ūkio ministerijos.
Taip pat numatoma nuo 2010 metų sausio 1 dienos žuvininkystės sektoriaus politikos formavimo funkcijas perduoti ministerijai. Atlikus šiuos pertvarkymus šioje srityje darbuotojų skaičius sumažės 115 etatų.
Numatomi pertvarkymai ir kitose Žemės ūkio ministerijai pavaldžiose įstaigose.
