2009 m. spalio 18 d. Šv. Mykolo bažnyčioje atidaromas Bažnytinio paveldo muziejus.
Muziejus įsikūrė Šv. Mykolo bažnyčioje (Šv. Mykolo g. 9). Buvęs bernardinių vienuolynas su Šv. Mykolo bažnyčia yra itin patrauklioje Vilniaus senamiesčio vietoje, šalia Šv. Onos bei Šv. Pranciškaus ir šv. Bernardino bažnyčių gotikinio ansamblio. Šv. Mykolo bažnyčioje sudarytos puikios sąlygos saugoti žymiausias Lietuvos bažnytinio paveldo vertybes ir jas deramai pristatyti visuomenei. Formuojant muziejaus ekspoziciją pasitelkti Kelno arkivyskupijos specialistai. Bažnytinio paveldo muziejaus ekspoziciją sukūrė muziejų interjero specialistė Ingrid Bussenius, Kelno ir Miunsterio katedrų lobynų ekspozicijos autorė.
Ekspozicijos branduolį sudaro seniausi Lietuvos auksakalystės šedevrai: didžioji gotikinė Vilniaus katedros monstrancija, šv. Stanislovo relikvijorius, XVI a. liturginiai indai. Šoninėse vitrinose bažnyčios navoje rodomi baroko ir vėlesnių epochų kūriniai. Bažnyčios zakristijoje eksponuojami liturginiai drabužiai ir reikmenys, bažnyčios prieangyje ir vakarinėje jos dalyje išdėstyti procesijų reikmenys ir vyskupų insignijos, liturginių drabužių ir reikmenų kolekcija pristatoma taip pat ir bažnyčios balkone. Muziejaus atidarymo proga į Šv. Mykolo bažnyčią sugrįžo šios šventovės didžiojo altoriaus paveikslai ir šoninius altorius kadaise puošę šv. Mykolo ir šv. Klaros atvaizdai. Vėl suskambėjo Šv. Mykolo bažnyčios varpinėje pakabinti trys restauruoti XVIII a. varpai.
Bažnytinio paveldo muziejaus eksponatai iš esmės skiriasi nuo kitų muziejų ekspozicijų: jie naudojami liturgijai ir, kiek tik bus įmanoma meno kūrinių išsaugojimo požiūriu, pagal paskirtį bus naudojami ir ateityje. Taigi muziejaus ekspozicija nuolat kis. Ekspozicijoje matomi kūriniai, išraiškingi maldingumo tradicijos liudytojai, pagaminti įvairiuose Europos meno centruose, atskleidžia plačius fundatorių ryšius ir kultūrines įtakas, su kuriomis Lietuvai teko susidurti praėjusiais šimtmečiais.
Nuo 2006 m. Bažnytinio paveldo muziejus surengė penkias temines parodas Lietuvos nacionaliniame muziejuje ir Vilniaus Katedros lobyno parodą Varšuvos pilyje bei Krokuvos Vavelyje.
