Kijevo teismas pripažino, kad Oleksejus Pukačas nužudė žurnalistą, o vėliau nupjovė jo galvą. Teismas O. Pukačui skyrė kalėjimo iki gyvos galvos bausmę. O. Pukačas prisipažino įvykdęs nusikaltimą, bet tvirtino tai daręs buvusio vidaus reikalų ministro, dabar jau mirusio, Jurijaus Kravčenkos nurodymu. J. Kravčenka mirė 2005 metais. Manoma, kad jis nusižudė.
Teismas nustatė, kad dirbdamas Ukrainos vidaus reikalų ministerijos išorinės žvalgybos skyriaus vadovu O. Pukačas sekė G. Gongadzę. O. Pukačas teisme liudijo, kad 2000 metų rugsėjį tardydamas žurnalistą dėl jo galimų ryšių su užsienio valstybėmis, netyčia jį pasmaugė diržu. Jis taip pat prisipažino nukirtęs G. Gongadzės galvą. Žurnalisto kūnas buvo rastas tais pačiais metais miške netoli Kijevo. Jo kaukolės fragmentas buvo rastas 2009 metais. Tais pačiais metais buvo sulaikytas O. Pukačas ir iš karto prisipažino. Trys O. Pukačo žvalgybos skyriaus pareigūnai jau atlieka bausmes už dalyvavimą vykdant nusikaltimą.
G. Gongadzės nužudymas sukėlė pasipiktinimą ir protestus prieš tuometį prezidentą Leonidą Kučmą. L. Kučma buvo kaltinamas Vidaus reikalų ministerijai davęs įsakymus, dėl kurių buvo nužudytas G. Gongadzė. 2011 metų gruodį bandymas nuteisti L. Kučmą žlugo, nes teisėjas nusprendė, kad slapta daryti neva jį inkriminuojantys garso įrašai negali būti naudojami kaip įkalčiai teisme, nes buvo gauti nelegaliu būdu. L. Kučma visuomet neigė prisidėjęs prie G. Gongadzės mirties.
Likus keliems mėnesiams iki mirties G. Gongadzė įsteigė naujienų portalą „Ukrainskaja Pravda“, kuriame buvo griežtai kritikuojamas L. Kučma.
