Auditoriai Vilniaus universiteto Teorinės fizikos ir astronomijos institute nustatė nemažai pažeidimų darbo apmokėjimo srityje. Nesivadovaudamas teisės aktais, dalį iš kitų asignavimų valdytojų gautų lėšų institutas panaudojo ne pagal tikslinę paskirtį - skyrė ryšių, kitų prekių ir komandiruočių išlaidoms padengti. Nesivadovauta teisės aktais ir skiriant priedus darbuotojams: instituto direktoriui už mokslinę veiklą išmokėta 47 tūkst. Lt priedų, kuriuos privalėjo paskirti darbdavys ar jo įgaliotas asmuo.
Valstybės kontrolės, institute atlikusios planinį finansinį ir teisėtumo auditą, teigimu, pažeisdamas Biudžeto sandaros įstatymą institutas ėmėsi tarpininko funkcijų atsiskaitant su komunalinių paslaugų teikėjais ir iš valstybės biudžeto gautomis lėšomis apmokėjo pastato bendraturčių, nuomininkų ir panaudos gavėjų sąskaitas, patirdamas 35 tūkst. litų nuostolių.
Institutas iki šiol apskaitoje nurodo pusantro milijono litų vertės Uzbekijoje esantį savo turtą, nepateikdamas įrodymų, kad šis turtas iš tikrųjų fiziškai egzistuoja ir priklauso institutui. Dar 1993 m. šis turtas buvo nacionalizuotas Uzbekijos valstybės.
Ypač daug apskaitos tvarkymo klaidų nustatyta institutui pavaldžios įstaigos - Planetariumo finansinėse ataskaitose.
Valstybės kontrolieriaus pavaduotojas įpareigojo Vilniaus universiteto rektorių Benediktą Juodką ir instituto direktorę Gražiną Tautvaišienę pažeidimus padariusius pavaldžius asmenis patraukti atsakomybėn.
