J. Thompsonas 1964 m. pateko į NBA, bet žaidėjo karjera truko vos tris sezonus. Per juos jis dukart tapo lygos čempionu su Bostono „Celtics“.
Vis tik tikrąją šlovę amerikietis pasiekė dirbdamas treneriu. 1972-1999 m. J. Thompsonas dirbo Džordžtauno universiteto ekipoje ir 1984 m. tapo NCAA čempionu.
Čia jis prisilietė prie tokių NBA žvaigždžių kaip Allenas Iversonas, Patrickas Ewingas ar Alonzo Mourningas.
