Panevėžio savivaldybė Baltoskandijos akademiją įsteigė 1991 metais. Pagrindinė akademijos veikla - moksliniai tyrimai.
Pagrindiniai tikslai - plėtoti įvairiapusius Baltoskandijos regiono kraštų ir tautų ryšius, integruoti Lietuvos kultūrą į Baltoskandijos kultūros erdvę. Tačiau pagal šalies įstatymus, savivaldybėms nepriskirtos mokslinių tyrimų įstaigų funkcijos propaguojant meną, kultūrą ir literatūrą šalies bei tarptautiniu mastu. Mokslinių tyrimų įstaigų steigėja gali būti tik Vyriausybė.
Savivaldybė ne kartą kreipėsi į Vyriausybę, Kultūros, Švietimo ir mokslo ministerijas, Panevėžio apskrities viršininko administraciją, kad Baltoskandijos akademiją perimtų viena šių institucijų, tačiau sutikimo nesulaukta.
Jei pritars Savivaldybės taryba, Baltoskandijos akademija būtų likviduota iki 2010 metų sausio. Siekiant išsaugoti akademijos veiklos tęstinumą, jos vadovui Silvestrui Gaižiūnui bus siūloma steigti viešąją įstaigą.
Šiuo metu įstaigoje dirba 5 darbuotojai, du iš jų mokslininkai. Kasmet iš miesto biudžeto Baltoskandijos akademijai skiriama per 127 tūkst. Lt.
