Vyriausybė įgaliojo už slėnių plėtros programų kūrimą ir įgyvendinimą atsakingas Švietimo ir mokslo bei Ūkio ministerijas iki liepos sudaryti Slėnių priežiūros tarybą ir tvirtinti jos funkcijas.
Kad slėniuose būtų užtikrinta mokslo, studijų ir verslo vienybė glaudžiai bendradarbiaujant mokslo ir studijų institucijoms bei verslo subjektams, bus rengiamos Jungtinių tyrimų programos. Jungtinių tyrimų programa yra rezultatų visuma, kuriuos numatoma pasiekti plėtojant tam tikrą mokslo tyrimų ir ekonominės veikos sektorių, orientuojantis į inovacijas ir naująsias technologijas. Numatoma parengti Gamtos išteklių ir žemės ūkio, Biomedicinos ir biotechnologijų, Medžiagų mokslo, fizikinių ir cheminių technologijų bei Inžinerijos ir informacinių technologijų jungtinių tyrimų programas.
Slėnių projektų ir Jungtinių tyrimų programų stebėseną vykdys Slėnių stebėsenos grupė, sudaryta iš ekspertų, atrinktų viešo tarptautinio konkurso keliu.
Vyriausybė yra patvirtinusi penkių integruotų mokslo, studijų ir verslo centrų - slėnio Lietuvos jūrinio sektoriaus plėtrai, "Nemuno", "Santakos", "Santaros" ir "Saulėtekio" slėnių - plėtros programas.
Slėnių plėtrai numatyta skirti apie 2 mlrd. litų iš Švietimo ir mokslo bei Ūkio ministerijos administruojamų ES struktūrinių fondų.
