Vyriausybė pritarė, kad iš miestų centrų reikia iškeldinti laisvės atėmimo įstaigas. Šiuo metu Kaune veikia Kauno tardymo izoliatorius, pačiame Vilniaus centre - Lukiškių tardymo izoliatorius-kalėjimas, o Šiauliuose - Šiaulių tardymo izoliatorius. Taip pat skirtinguose Lietuvos kampeliuose išsidėstę Alytaus, Kybartų, Marijampolės, Panevėžio, Pravieniškių, Vilniaus pataisos namai.
Kaune veikia ir nepilnamečių tardymo izoliatorius-pataisos namai, Pravieniškėse yra įsikūrę gydymo ir pataisos namai.
Visi tardymo izoliatoriai šiuo metu yra perpildyti.
Ypač aktuali perpildymo problema Lukiškių tardymo izoliatoriuje-kalėjime, kuriame yra 864 vietos, o lapkričio viduryje čia buvo laikomas 991 asmuo. Be to, šioje kalinimo įstaigoje veikia ir kalėjimas, kuriame laikoma iki 160 asmenų, iš jų 80 - nuteisti kalėti iki gyvos galvos. Nuteistieji laisvės atėmimu iki gyvos galvos turi būti laikomi kamerose po vieną ir tik jiems patiems sutinkant - po du. Didžioji dalis Lukiškių tardymo izoliatoriaus-kalėjimo kamerų yra apie 8 kvadratinių metrų ploto. Vienam asmeniui, laikomam kameroje, turi būti skirta ne mažiau kaip 5 kvadratiniai metrai ploto. Todėl kamerose laikant po du asmenis būtų pažeidžiamos Lietuvos higienos normos. Be to, dalis Lukiškių tardymo izoliatoriaus-kalėjimo pastatų, statinių ir inžinerinės įrangos yra susidėvėję, kai kurie iš jų pripažinti avariniais, jų atstatymas brangiai kainuoja.
Kadangi ši įstaiga yra miesto centre, jos saugumo užtikrinimas darosi vis sudėtingesnis. Prie pat Lukiškių tardymo izoliatoriaus veikia dvi vaikų mokymo įstaigos, vieną jų nuo kalėjimo tvoros skiria vos pora metrų. Beveik neįmanoma fizinę apsaugą pakeisti inžinerinėmis apsaugos priemonėmis.
Kalėjimų departamento skaičiavimais, iš viso laisvės atėmimo įstaigų rekonstrukcijos darbams atlikti reikia apie 153 milijonų 600 tūkstančių litų. Tikslingiausia ne rekonstruoti minėtas įstaigas, o iškelti jas iš miestų centrų į naujai pastatytas laisvės atėmimo įstaigas.
Visas įstaigas vienu metu iškelti būtų sudėtinga, todėl būtų tikslinga šiuos darbus pradėti nuo Lukiškių tardymo izoliatoriaus-kalėjimo iškeldinimo, palaipsniui iš miestų centrų iškeldinant Šiaulių tardymo izoliatorių, Vilniaus 1-uosius, Vilniaus 2-uosius, Marijampolės ir Panevėžio pataisos namus.
Anksčiau buvo skelbta, kad prestižinėje Vilniaus vietoje stovinčio Lukiškių kalėjimo pastatus Teisingumo ministerija gali išmainyti su verslininkais į atokiau nuo sostinės centro esančias patalpas, tinkamas kalėjimui. Šimtmetį veikiantis Lukiškių tardymo izoliatorius-kalėjimas ir po juo esanti žemė vertinama šimtais milijonų litų. Ankstesnio teisingumo ministro Gintauto Bužinsko tvirtinimu, Lukiškių kalėjimo mainai gali įvykti tik į tokios pat vertės pastatą pritaikytą kalėjimui.
Lukiškių kalėjimas buvo pastatytas 1904 metais. Tai buvo moderniausias kalėjimas to meto Rusijos teritorijoje.
