Sausio pabaigoje R.Masiulis paprašė teisėsaugos įvertinti „Lietuvos geležinkelių“ veiklą nacionalinio saugumo bei kitais aspektais. Valstybės saugumo departamento (VSD) tuomet paprašyta įvertinti įmonės ir prieštaringos reputacijos Rusijos bei kitų šalių įmonių ryšius, Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos (FNTT) ir Specialiųjų tyrimų tarnybos (STT) - ištirti „Lietuvos geležinkelių“ ir jų antrinių įmonių atsiskaitymus per ofšorines kompanijas, neskaidrų paramos skirstymą. Be to, Viešųjų pirkimų tarnybos (VPT) paprašyta ištirti, ar vidaus sandoriais nebuvo slepiami korupciniai susitarimai.
Žiniasklaida rašė apie neskaidriai skirstomą „Lietuvos geležinkelių“ paramą, vidaus sandorius ir partnerystę su Rusijos koncernu „Transmashholding“, iš kurio antrinės įmonės 2012-2013 metais geležinkeliai be konkurso pirko lokomotyvų važiuoklės rėmų už 44,92 mln. eurų. Vienas šio koncerno akcininkų yra Rusijos karinės pramonės koncerno „Kalašnikov“ akcininkas.
„Lietuvos geležinkeliai“ Šeštokų stotyje įrengti ožinį kraną samdė Rusijos įmonę „Baltkran“, kuri dirbo tuo metu, kai NATO sąjungininkų pajėgos stotyje krovė karinę techniką bei ginkluotę, rengiantis didžiausioms Baltijos šalyse karinėms pratyboms „Kardo kirtis“.
Vasario pradžioje, įvertinęs VPT išvadas ir ministerijos atlikto vidaus audito ataskaitą, R.Masiulis kreipėsi į Specialiųjų tyrimų tarnybą (STT) ir Generalinę prokuratūrą prašydamas pradėti ikiteisminį tyrimą ir dėl valstybės įmonės „Oro navigacija“.
