Audito metu nustatyta, kad mokesčių fondo buhalterinė apskaita buvo tvarkoma netinkamai. 2013 metų tarpinių laikotarpių (ketvirčio, pusmečio ir devynių mėnesių) finansinių ataskaitų rinkiniai buvo sudaryti tik metams pasibaigus – 2014 metų kovo mėn., o sudarius metinį finansinių ataskaitų rinkinį, buvo rengiami jį atitinkantys apskaitos registras ir žiniaraščiai. 2012 metų ataskaitinio laikotarpio buhalterinių sąskaitų likučiai buvo matematiškai koreguojami iki norimos sumos.
Nustatyta, kad ne visais atvejais inspekcija kontrolės veiksmus atliko laiku ir ne visi jie buvo efektyvūs, todėl gyventojams buvo sudaromos sąlygos išvengti mokestinių prievolių deklaravimo ir vykdymo, o valstybė negavo visų jai priklausančių mokesčių pajamų. Inspekcija neparenka tokios mokesčių fondo apskaitos politikos, kuri užtikrintų, kad galimos prievolės būtų registruojamos fondo buhalterinėje apskaitoje, o tai padėtų vykdyti efektyvesnę mokestinių prievolių vykdymo kontrolę.
Valstybinė mokesčių inspekcija, net turėdama informacijos apie nedeklaruotas arba klaidingai deklaruotas 2008 metų pajamas, per daugiau nei ketverius metus neužtikrino, kad gyventojai teisingai deklaruotų ir sumokėtų pajamų mokestį. Taigi valstybės interesas gauti jai priklausančias pajamas nebuvo užtikrintas. Valstybės kontrolė kreipėsi į finansų ministrą ir rekomendavo inicijuoti tyrimą, kad būtų nustatyta, ar inspekcija, kaip mokesčių administratorė, tinkamai atliko Mokesčių administravimo įstatyme nustatytą funkciją kontroliuoti, ar mokesčiai teisingai apskaičiuoti, deklaruoti ir sumokėti.
„Žinoma, matome ir pažangą: pernai atsisakėme pareikšti nuomonę ir dėl Mokesčių ir kitų įmokų į biudžetus apyskaitos teisingumo, o šiemet dėl jos teikiame sąlyginę nuomonę, tačiau ir šioje srityje reikia padirbėti“, – pažymėjo valstybės kontrolierė. Pagal šiuo metu galiojantį teisinį reglamentavimą apyskaitą būtina sudaryti anksčiau, negu Valstybinė mokesčių inspekcija gauna visus šią apyskaitą sudaryti reikalingus duomenis, todėl nėra tikslūs joje teikiami duomenys apie pajamas pagal pajamų rūšis.
