Povandeninis laivas turėjo lapkričio 19-ąją atvykti į savo nuolatinės dislokacijos vietą – karinę jūrų bazę Mar del Plata. Juo plaukę 44 ekipažo nariai plaukė iš Ugninė Žemės archipelago Argentinos pietuose. Lapkričio 15-ąją ryšys su laivu staiga nutrūko. Tuo metu povandeninis laivas buvo įveikęs apie pusę savo kelio ir plaukė San Chorche įlankos rajone. Kur šiuo metu yra laivas, nėra žinoma.
Argentinos karinės jūrų pajėgos paskelbė apie povandeninio laivo dingimo praėjus dviem dienoms, lapkričio 17-ąją. Argentiniečiai pradėjo gelbėjimo operaciją, prie kurios netrukus prisijungė Brazilijos, JAV ir Didžiosios Britanijos pajėgos. Paieškose dalyvauja 10 lėktuvų ir 11 laivų.
Argentiniečių kariams paieškas vykdyti trukdo Patagonijos pakrantę talžančios aukštos bangos ir stiprus vėjas, kurie šiose vietovėse nėra retenybė. Pasak admirolo Gabrielio Gonzaleso, bangos siekia aštuonis metrus, o vėjo greitis – 20 metrų per sekundę.
Lapkričio 18-ąją, praėjus trims dienoms po ekipažo dingimo, kariai paskelbė, kad iš „San Juano“ gavo septynis palydovinio ryšio telefono signalus. Tai nepadėjo tiksliau nustatyti povandeninio laivo vietos. Galų gale paaiškėjo, kad kariškių „sugauti“ signalai buvo ne iš pradingusio laivo.
Kodėl povandeninis laivas nutraukė ryšį pakeliui į bazę, nėra žinoma. Argentinos karinės jūrų pajėgos mano, kad povandeniniame laive atsijungė energijos tiekimas ir sugedo ryšio sistema – galimai, dėl gaisro akumuliatorių skyriuje. Pagal protokolą, netekus ryšio, povandeninis laivas turėtų iškilti, tačiau aptikti „San Juano“ vandens paviršiuje nepavyko – nors kariuomenės atstovai patikrino jau 80 proc. paieškų regiono.
Pasak CNN kalbintų ekspertų, tikėtina, kad povandeninis laivas yra vis dar po vandeniu. Tai apsunkina paieškas ir sukuria papildomą pavojų ekipažui: „San Juan“ – dyzelinis povandeninis laivas, jo galimybės išbūti po vandeniu yra apribotos. Anot Argentinos kariuomenės atstovų, ekipažas pakankamai deguonies, maisto ir vandens, kad galėtų išgyventi avariją patyrusiame laive, turi mažiausiai dviem savaitėms. Leidinio kalbintas buvęs JAV povandeninio laivo vadas tvirtina, kad paieškoms „yra mėnesis“.
Jeigu „San Juanas“ bus aptiktas ant dugno, ekipažą evakuos JAV pateikta specialia povandenine kapsule. Tokia kamera gali panirti iki 260 metrų, prisitvirtinti prie povandeninio laivo liuko ir perkelti į paviršių iki šešių žmonių vienu metu.
Vietos gyventojai šalia kaimyninės Mar del Plata karinės bazės iškabino linkėjimus ir plakatus su užrašais „Stiprybės Argentinai. Mes tikime Dievą“ ir „Pirmyn, plieno žmogau. Mes laukiame tavęs namuose“. Romos popiežius Pranciškus, kuris yra gimęs Argentinoje, pažadėjo melstis už ekipažą.
